Como faço a consulta como Falando de Viagem, a resposta é rápida. Em CGH, não precisei retirar da case. Perguntei ao funcionário e ele confirmou não ser preciso.
Veja a resposta da ANAC:
Não é necessário que o equipamento seja retirado da capa protetora. Os novos procedimentos solicitam apenas que o equipamento seja inspecionado de forma separada. A melhor forma para realizar o procedimento é retirar o notebook da bagagem de mão e colocá-lo em uma bandeja a parte na hora da inspeção.