Fiz esta travessia na minha lua de mel 12 anos atrás. As opções, de lá para cá, creio não terem mudado muito.
Basicamente se vai a Santorini por ferry boat, saindo do porto de Pireus, ou avião, saindo do aeroporto de Atenas. Creio que por mar, diversas opções e classes de navios estarão à disposição. Sugiro procurar um fast ferrie, pois alia a velocidade e o tamanho maior. O mar Egeu, a depender da época do ano, é bastante ventoso, e as condições podem ficar mais desagradáveis para um barco menor como um catamarã. E tente seguir direto, pois muitas linhas fazem escala em outras ilhas, o que torna a viagem demorada.
Na minha opinião, a melhor opção é o avião. A viagem dura em média meia hora, e as principais empresas que operam linha para lá são a Aegean e a Olympic. Pode ser que alguma outra regional grega opere também.
No meu caso, a viagem foi ida de ferry até Mykonos (onde passamos alguns dias), e de lá até Santorini foi em em um ATR 72 da Olympic. A volta para Atenas foi também em um ATR pela mesma empresa. Bem tranquilo e sem dúvidas, foi a decolagem mais bonita que já vi da janela de um avião.
